故事一开始是一位女性在家中被存在于镜世界的蜘蛛怪兽拖入镜中而成失踪事件。见习记者城户真司在调查她和榊原耕一的离奇失踪事件时意外得到假面骑士龙骑的变身卡盒，且之后还在镜世界中认识了同为骑士的秋山莲，在了解假面骑士之间的斗争后，决定阻止此战争和保护人类不受怪兽侵扰，但也因此卷入其中......
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