当Alex它们还在非洲度假时，企鹅们早已回到了纽约动物园，并且继续执行它们的秘密任务，并帮助动物园里的动物们。在动物园里，它们认识了一些朋友，而且在马达加斯加自称为王的狐猴Julien和它的小跟班Maurice和Mort也来到了动物园。
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